舟山工厂整厂拆除工作的核心是“海岛生态保护与海上运输安全”。舟山群岛多为生态敏感区域，工厂拆除需严格控制对海洋生态的影响:拆除现场需设置防泄漏围堤，防止拆除废水流入附近海域；对于靠近渔港的工厂，拆除作业需避开鱼类繁殖季节，避免施工噪音影响渔业生产。例如，某海岛船舶修造厂拆除时，施工团队采用“陆上拆解+分段运输”模式，先将大型船用起重机拆解为3-5吨的模块，再通过小型货运船运输至舟山本岛处理基地，避免大型运输船对渔港航道的占用与海洋生态的破坏；拆除产生的建筑垃圾，经破碎处理后，用于海岛道路路基填充，实现“海岛资源循环利用”。​

　　废旧机器设备回收方面，舟山聚焦“船舶设备与水产加工设备的特色回收”。船舶修造厂的废旧船用柴油机，回收企业会先拆解燃油系统，对燃油进行分离净化，达标后可用于渔船动力燃料；对于柴油机的曲轴、缸体等核心部件，经磁粉探伤检测确认无裂纹后，可进行修复翻新，重新用于船舶发动机维修，延长设备使用寿命。水产加工工厂的废旧冷冻设备，因长期接触海水与水产品，设备外壳易腐蚀，回收时需先进行除锈处理，再拆解制冷压缩机，压缩机中的制冷剂经回收提纯后，可重新用于新冷冻设备，避免制冷剂泄漏破坏臭氧层；设备中的不锈钢内胆，经清洗、消毒后，可加工为水产养殖用的储水箱，实现“从水产加工到水产养殖”的资源循环。​

　　为解决海岛设备运输难题，舟山还建立了“海岛废旧设备运输调度中心”，中心整合20余艘小型货运船、50余辆陆地运输车，根据海岛潮汐、气象条件，制定最优运输计划，确保设备运输效率与安全。2024年，该中心累计运输废旧设备超5000吨，运输准时率达98%，为舟山海岛工业升级与海洋生态保护提供了“海岛方案”。