从存世的相关书画来看，经柯九思鉴定的元内府画作计20余幅，而所鉴定的法书则多达60余件。从现存藏画目来看，奎章阁收藏品中以天历年间藏品居多。由此可知，奎章阁的书画收藏活动与柯九思是分不开的。

　　奎章阁时代的柯九思已开始注重魏晋法书的收藏，并且格调颇高。柯九思在元廷时，曾获得元文宗御赐王献之《洛神赋十三行》，此事在董其昌的《洛神赋十三行补》中提及:“如此真迹，入宋御府，有德寿题。元文宗复得之，以赐柯九思，有赵子昂跋云:见此如岳阳楼亲闻吕祖吹笛，自此可以称量古今之书矣。

　　中国艺术品交易中心近几年对柯九思字画市场价格分析估价:

　　柯九思古玩三年１３４３年------价格:RMB4,880,000----日期:2016-01-13

　　柯九思款山中楼阁镜心设--------价格:RMB2,560,000----日期:2017-08-23

　　柯九思白描人物册页九开--------价格:RMB5,740,000----日期:2016-01-21

　　柯九思行书镜心水墨纸本--------价格:RMB5,840,000----日期:2016-10-25

　　柯九思宫词行书手卷水墨纸本----价格:RMB1,360,000----日期:2017-02-10

　　近几年柯九思字画市场成交的价格:

　　柯九思渭川素影图立轴纸本------价格:RMB2,350,000----日期:2016-03-19

　　柯九思宫词行书手卷水墨纸本----价格:RMB4,610,000----日期:2017-01-03

　　柯九思山中楼阁镜心设色绢本----价格:RMB3,850,000----日期:2017-05-06

　　柯九思渭川素影图立轴水墨纸----价格:RMB2,510,000----日期:2016-03-19

　　柯九思渭川素影图立轴纸本------价格:RMB1,260,000----日期:2017-05-14

　　柯九思与同道间亦不乏藏品交流。他曾从康里巎巎(náo)处换得董源《水石幽禽图》。此外，也有别人赠送的藏品。为了酬谢，柯氏亦曾回赠以书画。如古玩二年他53岁时，曾画过一幅竹图，派人送寄给友人张德常，图上题识“古玩二年壬午九月，仆与高昌正臣游张公洞天，张德常期而不至，殊怀其人，不禁清兴，故作墨竹以寄之。前奎章阁鉴书博士丹丘柯九思识”。

　　柯氏收藏的名画更为可观，大都为精品，如唐韦偃《双骑图》、隋郑法士《读碑图》、唐张萱《明皇出骑图》、宋人《溪山行旅图》、米芾《春山瑞松图》、扬无咎《四梅图》、赵孟坚《岁寒三友图》等。他藏画不局限于唐宋名画，同时代的元朝前辈画人的作品也在他收藏之列，如赵孟《秀石疏林图》《秋郊饮马图》、任仁发《二马图》、方从义《惠方舟行图》、曹知白《远山疏林图》等都曾为其收藏。

　　那么，元代奎章阁的书画到底有多少呢？

　　据王恽目识手记，得法书147件，名画81件，总数228件。其中有阎立本、顾恺之、吴道子、王维、李思训、黄筌、李公麟等历代书画名家的作品。流传至今的法书有孙过庭《书谱》卷、怀素《自叙》卷、黄庭坚《廉颇蔺相如列传》卷等，名画有顾恺之《洛神赋图》、阎立本《历代帝王图》(现藏美国波士顿博物馆)等。

　　柯九思不仅富收藏，更精鉴赏。作为一名元朝得宠的臣子，他出入朝野，饱览众多公私收藏，许多文人甚至普通民众都邀请他鉴定藏画，由此也树立起较高的威望。其收藏的《曹娥碑》令朝野惊叹，虞集赞曰:“敬仲家无此书，何以鉴天下之书耶？”柯九思利用书画家与鉴藏家的多重身份，广泛交游，凭借丰富的人文脉络，从而在元代书画鉴藏史上留下了浓重的一笔，也对元代中期书画艺术的发展起到了不可低估的作用。

　　然而皇帝对柯九思的过于恩宠引起了蒙古贵族官僚的嫉妒，后柯九思横遭御史台臣参劾。《元史本纪·文宗》卷载御史台臣劾“奎章阁鉴书博士柯九思，性非纯良，行极矫谲，挟其末技，趋附权门，请罢黜之”。都穆《题虞文靖公隶书》对其有详细记载:“(至顺三年)五月文宗将有上都避暑之行，九思乘间白曰:‘……愿乞补外以自效。’文宗慰之:‘朕在，汝复何忧？’翌日，纳印请去……中书竟格诏不行，九思遂流寓吴东之胭脂桥。八月文宗卒于上都。”从中可以看出，柯九思为至顺三年五月去职，退居吴下，流寓松江胭脂桥。古玩三年(1343年)十月，柯氏暴卒于苏州，年仅54岁。