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　　从生物进化论的观点看，任何生物在其繁殖和生长过程中都会发生变异。

　　而且细胞分裂越快、生长越快的物种其变异概率越大。

　　食用菌菌种的菌丝体在自身的生长过程中会发生自然突变，由此产生遗传学上的一定差异。

　　组织分离也不一定能得到与亲本完全相同的菌种。

　　其中双核体的单核化是菌种衰退的一个主要遗传标记，因为双核菌丝单核化后由于不能完成锁状联合而不能进行有性生殖，从而不能产生子实体。

　　由于基因突变，培养物群体的遗传学上的均一性降低，异质性增加。

　　1、染色体的不稳定性  Anton Sonnenberg等人的研究表明，对双孢菇U1菌株分离株的退化现象的解释为染色体的不稳定性，其中同源染色体的缺失，rDNA的移位可造成染色体长度的多态性。

　　去异核化会直接导致不结实。

　　在异核体与同核体配对，异核体与异核体配对的过程中，很容易发生体细胞重组，使遗传异质性增加。

　　对U1菌株的不同衰退分离菌株的RFLP分析表明，大多数的供试衰退菌株都存在一两个等位基因的丢失，或是染色体长度的变化。

　　2基因突变  基因突变在自然情况下广泛存在。

　　食用菌的细胞膜与细胞壁接触紧密，所以在正常的生长过程中，接受紫外线、射线、化学诱导剂的刺激后，都可能使基因发生突变；另外，在有性和无性生长过程中，由于剧烈环境因子的作用，也会使控制木质素、纤维素、半纤维素的酶合成和表达的基因产生自然变异。

　　这些不良变异积累到影响基因表达的 程度时，会影响到这些酶的合成能力，甚至使其无法表达，造成营养物质分解和转化受阻，导致菌丝萎蔫，影响原基的形成和子实体的分化发育。

　　3自交产生的变异   人工大面积栽培的食用菌，生产空间上无法隔离。

　　这样很容易发生品种间的单核孢子的自然杂交，即使只栽培一个品种，所产生的单核担孢子还可能和原来的双核菌丝产生杂交。

　　据日本有关文献报道，香菇椴木栽培时，这种自体杂交产生杂种子实体的概率:第二年15%、第3年20%、第4年30%。

　　这种自交在不考虑染色体互换引起的变异情况下，无法形成可育双核体的概率也是比较高的。

　　因此，要保证纯正优良的种性，栽培场所的选择是极为重要的。

　　4杂交种性不稳定