主要的影响因素为有机质含量、含水率、碳氮比、堆肥过程的氧浓度和温度以及pH值等。一方面。不同的营养物质含量可发生不同效果的肥效，通过对诸因素的控制满足各微生物菌种的生长繁殖所必需的碳氮比、温度、湿度、pH值、氧量及其它营养元素;另一方面。比如有机肥设备含碳量高有助于土壤真菌增多，氮则有助于土壤细菌增多，而钙对于作物抗病有明显的效用。对堆肥产生的恶臭需加以防治与控制，防止二次污染。堆料中加入发酵剂或快速分解菌可在较短时间内消减臭气，且感官效果较好;或者对堆肥场产生的恶臭气体以生物除臭技术等有机肥生产线进行处理。3严格控制原料中的重金属含量，防止在后期的生产过程中微生物中毒，以及废品有机肥中重金属超标，污染土壤及农作物。

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