普外科和新生儿外科自1958年复旦大学附属儿科医院成立小儿外科以来就是其重要核心部分。经过60年几代人的不懈努力，目前已发展成为在医教研上都具有重要影响力的小儿外科。2002年，获准成为上海市小儿外科疑难重症诊治中心，2013年成为小儿外科“国家临床重点专科建设”单位，2017年成为上海市小儿外科重点学科（重中之重）。连续八年荣获“全国佳医院和佳专科声誉排行榜”的专科排名第二名。 新生儿外科依靠自身强大实力，并依托医院实力雄厚的新生儿重症监护室（NICU）,同时与复旦大学附属妇产科医院，上海市妇婴保健院，和平妇幼保健院等多家产科医院紧密联系，建立了上海地区完备的胎儿消化道与腹腔结构畸形产前会诊、生后转运与救治网络，形成学科交叉和卫生资源共享，成为新生儿复杂畸形的诊疗中心，是国家儿童医学中心出生缺陷诊治中心及上海市出生缺陷防治重点实验室依托科室之一。在新生儿是早产儿及低出生体重儿先天性食道闭锁、先天性肠闭锁、胎粪性腹膜炎，先天性直肠肛门畸形、新生儿梨状窝囊肿、新生儿巨结肠、新生儿淋巴管瘤、新生儿腹腔肿瘤、新生儿胆总管囊肿、先天性膈疝、先天性腹裂及先天性脐膨出等畸形的临床诊治与术后并发症的再手术治疗水平处于国内领先并达到水平。在国内率先开展后矢状入路肛门成形（Pena）术治疗先天性直肠肛门畸形；率先在国内成功开展新生儿经肛门一期巨结肠根治术（soave术）；在国内首先应用延期手术的概念救治重症膈疝；在国内首先开展腹裂一期无缝修补术；国内首先开展先天性中位无肛新生儿期经骶会阴一期根治术；率先在国内开展新生儿微创手术治疗先天性食道闭锁、先天性膈疝，肠闭锁，先天性巨结肠，胆总管囊肿，腹腔肿瘤等；国内首次开展长段食道闭锁食道牵引一期吻合；国内首先报告子宫外产时处理；国内首先报道新生儿梨状窝手术；率先开展3D打印及计算机辅助成像技术实施联体婴儿复杂畸形分离手术；建立新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）诊疗团队，作为牵头单位，组织编写了《新生儿坏死性小肠结肠炎外科手术治疗》专家共识。 肝胆外科方面，已成为全世界大的胆道闭锁诊治中心，年均单中心诊治病例数约300例。作为牵头单位，组织编写了《胆道闭锁临床诊疗专家共识》并多次主办全国肝胆疾病学班及胆道闭锁，向全国推广胆道闭锁的标准诊治流程；设立中国胆道闭锁网，进一步推广和规范了胆道闭锁的诊疗和随访工作；开发大便颜识别软件进行胆道闭锁筛查。作为率先在国内开展小儿肝移植手术的科室，拥有DBD和DCBD供体肝移植资质。同时在腹腔镜治疗先天性胆管扩张症、门静脉海绵样变门脉高压的手术治疗（Rex分流术，断流术等）等方面处于国内领先水平。肛肠外科方面，在国内率先开展Pena与SOAVE术治疗先天性直肠肛门畸形与巨结肠,2012年成功举办全国先天性肛肠畸形学班,已形成从手术，病理诊断到肠道管理的全面诊疗体系。 此外，在胃镜辅助治疗梨状窝瘘（手术切除或部烧灼治疗），经口内镜下食管括约肌切开术（POEM）治疗贲门失弛缓症方面均处于国内领先水平。腹腔镜、胸腔镜等微创技术已普及到临床的大多数病种，并在传统的腹腔镜基础上，发展了单切口的腹腔镜技术。普外和新生儿外科也是医院小儿创伤中心的重要部分，得到上海市卫生“三年行动计划”的资助，创伤中心依托本院PICU和急诊科平台，已初步建立了院前救治、急诊室抢救、监护室监护、专科专制、创伤康复为一体的创伤急救体系，NO吸入，的呼吸支持转运系统，ECOM等技术，为危重外科患儿的围术期支持方面的强有力的保障。 普外和新生儿专科为国内大的小儿外科住院医师及专科规范化培训基地之一，作为博士点和重点学科，每年培养许多临床和科学研究人才，并为国内、是中西部地区小儿外科医师队伍输送有生力量。专科拥有正高5名，博士生导师3名，是太平洋小儿外科医师协会理事会主席单位（中国大陆唯一），中华医学会小儿外科委员会副主任单位，中华医学会上海分会小儿外科委员会前任主委单位，拥有中华小儿外科杂志与临床小儿外科杂志副主编，在国内外占有重要的学术。复旦大学附属儿科医院创建于1952年，系国家卫计委预算管理单位、三级甲等医院，是集医、教、研、防为一体的综合性儿童专科医院，全国儿科学重点学科、国家“211工程”和“985”工程建设单位，最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学博士后流动站。在中国医学科学院发布的中国医院科技竞争力排行榜、复旦大学发布的中国医院最佳专科声誉排行榜和北京大学发布的中国医院最佳临床学科排行榜，复旦大学附属儿科医院儿科学均位居前列。医院是国内首个通过第五版JCI认证的儿童专科医院，于2016年11月通过HIMSS EMRAM 6级国际认证，于2017年1月获批成为国家儿童医学中心。连续八次荣膺上海市文明单位。 医院宗旨:一切为了孩子。医院使命:建树医学典范，呵护儿童健康。医院定位:立足上海、服务全国、辐射亚洲。医院愿景:亚洲一流的儿童医学中心，儿科医学教育向全国辐射的中心，中外儿科学术交流的重要桥梁。医院院训:团结、奋进、严谨、创新。医院理念:尊重、平等、热情、关爱。 在各级政府的大力支持和关心下，2008年2月29日，座落于闵行区万源路399号的新医院经过将近4年的建设正式启用，医院主体从枫林路搬迁至新医院，原址保留普通儿内科门诊服务功能，以满足周边地区病人的需求。新医院占地153亩，现有建筑面积10万平方米。截止2016年底，在职职工1686人，高级职称专家157人，博士生导师32名，硕士生导师31名。 目前医院开放床位800张，年门急诊服务量逾225万，出院病人突破4.2万人次，住院手术2.8万。医院专业设置齐全，共设45个临床专业医技科室，拥有7个国家临床重点专科，包括:新生儿、重症医学科、小儿消化科、中医儿科、新生儿疾病重点实验室、小儿外科、临床护理。新生儿、外科、心血管、传染病等专业曾先后被列为卫生部临床学科重点专业。新生儿科是上海市医学重点学科，儿科学是上海市重中之重重点学科，小儿外科是上海市小儿外科疑难重症临床医学中心，呼吸急救专业是上海市医学领先专业。 医院有2个省部级重点实验室，分别为卫生部新生儿疾病重点实验室和上海市出生缺陷防治重点实验室。科研实力雄厚，近10年来，承担590项科研课题，纵向经费3.0亿元。包括国家重点研发计划、国家自然科学基金重点课题、卫生部行业专项、国家“863”、“973”、“十一五”、“十二五”科技支撑计划等重要项目。在《The Lancet》、《Pediatrics》、《Journal of Pediatrics》和《Pediatric Research》等重要国际学术期刊发表SCI收录论文893篇（近4年553篇），获省部级以上奖项44项。出版《儿科学》、《小儿外科学》、《实用新生儿学》、《实用儿童保健学》、《实用新生儿小儿外科学》、《实用新生儿护理学》、《小儿感染病学》、《现代实用儿科学》等五十余部重要专著。主办《中国儿科循证杂志》进入国家核心期刊，并与美国儿科学会协作主办《Pediatrics中文版》。 复旦大学上海医学院儿科学系设在儿科医院，每年承担13个专业1000余名医学生的临床教学与实习培养；每年在读博士和硕士研究生200余名。医院拥有国家儿科和儿外科住院医师规范化培训基地以及13个上海市儿科亚专科和儿外科医师培训基地，每年培养200余名住院医师和专科医师。医院每年培养长期进修学员300名，短期进修学员250名，至今已经为全国各地培养进修医生1万余名。每年举办50-60期国家级继续教育学习班。