除透过统一高考招生外，港中大(深圳)还将通过“自主招生”手段选拔学生，将参考学生高考成绩，参考学生平时学业及其他方面成绩及面试情况等录取。透过“自主招生”方式招收的学生，将有30%左右是深圳市本地生源。

　　香港中文大学深圳发展处在回复财新记者采访函时表示，目前，透过统一高考和自主招生两种方式分别的招生比例尚未确定，在境内和境外的具体招生比例也在进一步规划中。

　　港中大(深圳)最高机构为理事会，理事长由港中大校长出任，港中大及其合作方深圳大学各委任8名理事，实行理事会领导下的校长负责制。港中大称，理事会将以民主方式管理学校，充分尊重学术自由，营造开放的学术环境。

　　深圳市政府已承诺为中大深圳校区的全日制学生提供办学补贴。中大深圳校区未来的经费来源将包括学费、捐款、政府补贴和科研资助，并与香港中文大学校本部保持完全财务独立。港中大表示，中大将以校本部的办学水平严格保证中大(深圳)的办学质量。