柱状活性炭的孔径特点决定了柱状活性炭对不同分子大小的有机物的去除效果。柱状活性炭的孔隙按大小一般分成微孔、过渡孔和大孔，但微孔占绝对数量。

　　柱状活性炭中大孔主要分布在炭表面对有机物的吸附作用小，过渡孔是水中大分子有机物的吸附场所和小分子有机物进入微孔的通道，而占95%的微孔则是柱状活性炭吸附有机物的主要区域。

　　按照立体效应，柱状活性炭所能吸附的分子直径大约是孔道直径的1/2到1/10。也有人认为柱状活性炭起吸附作用的孔道直径(D)是吸附质分子直径(d)的1.7～21倍,最佳范围是D/d=1.7～6。

　　所以，柱状活性炭对500～3000的有机物有十分好的去除效果，对于大于3000和小于500的有机物没有去除。对于小于500的有机物没有去除甚至增加原因，是由于小于500的有机物亲水性较强，易被分子量比其更大而憎水性强的能进入柱状活性炭微孔内的有机物所取代。