牡丹品种分类方法很多，可按用途分，可按花的形态分，可按开花早晚分，可按花的颜色分。昔张峋撰花谱，以花有千叶、多叶之不同创立分类；清余扶伯撰“曹州牡丹谱”，分正色、间色。正色黄为中央首列之；次青、红、白、黑；间色粉、紫、绿三种又次于后，凡五十六种。按中国故有传统习惯，多以色别，当地农民也是根据品种色泽不同把它们分成白、黄、粉、红、紫、黑、绿、蓝八类。为了应用方便，作者进行一下之分类:

　　按花的形态分:曹州牡丹按其花的形态不同可以分为单瓣种（单叶）；半重瓣种（多叶）和重瓣种（千叶）三类。单瓣种-仅有一层宽大的花瓣，在花心拥有雌蕊和多数的雄蕊。半重瓣种-有数层花瓣，花心拥有雌蕊和多数的雄蕊或花心常出现与花瓣相似的雄蕊。重瓣种-花心内所有的或几乎所有的雄蕊均变成花瓣状。

　　曹州牡丹因系栽培种，绝大多数品种均属于后两类，只是极个别品种为单瓣种，也有些品种在最初开花时或生长发育不良时开单瓣花，有时在同一植株上也会出现三种不同的花形，有重瓣的，半重瓣的和单瓣的。

　　重瓣花又可分为玫瑰花型的，球型的和皇冠型的。玫瑰花型的重瓣花，花千叶，大开头，无论内部和外部都有很大的彼此密接的花瓣。这一类型的牡丹花具有最美丽的花形，例如胡红、百花妬、春红争艳、第一娇、瑶池春等。

　　球型的重瓣花，同样也是千叶的，但他们内部的花瓣形成球状，突起在外部的宽大的花瓣之上。例如脂红、白玉、葛巾紫、种生红、银粉金麟、璎珞宝珠等。

　　皇冠型的重瓣花，花微重瓣，有宽大的外瓣，内部细碎的、散乱的花瓣形成类似皇冠型的花心。一朵花常常出现两色，外部花瓣是一色，内部花瓣是一色，例如斗珠、深黑紫、乌龙卧墨池、赤龙焕彩、娇容三变等。

　　按栽培用途分:曹州栽培牡丹其用途主要有二:一为生产地下部的根供药用；二为大量繁殖和培育新品种供绿化观赏用。

　　适于根用的品种-赵粉、朱砂垒、假葛巾紫、墨魁、白玉、紫重楼、种生黑、紫绣球、紫金荷、圣诞楼、小魏紫、第一娇、冰凌罩红石、青龙卧墨池等。

　　观赏价值较高的品种-掌花案、梨花雪、金轮黄、赵粉、胡红、豆绿、姚黄、白玉、墨魁、鹤白、昆山夜光、冰凌罩红石、银粉金麟、第一娇、酒醉杨妃、似荷莲、一品朱衣、春红争艳、百花妬、状元红、十八号、璎珞宝珠、丹皂流金、平西艳、脂红、胭脂红、首案红、种生红、二乔、朱砂垒、大魏紫、大棕紫、赵紫、邦宁紫、凌花晓翠、葛巾紫、赤龙焕彩、王红、紫重楼、烟龙紫珠盘、乌龙卧墨池、种生黑、墨撒金、蓝田玉、瑶池春、娇容三变等。

　　按开花早晚分:

　　早开花种-石园白、清心白、赵粉、朱砂垒、春红争艳。

　　晚开花种-银粉金麟、昆山夜光、赤龙焕彩、乌龙卧墨池、葛巾紫、第一娇、胡红、宝楼台、西子、斗珠、豆绿、美人红、罗汉红、鸡爪红、紫云仙、圣诞楼、胜丹炉等。

　　中开花种-冰棱罩红石、姚黄、白玉、似荷莲、状元红、梨花雪、掌花案、金轮黄、紫金荷、蓝田玉、脂红、二乔、墨魁、泼墨紫、丹炉焰、深黑紫、紫重楼、海棠争润、璎珞宝珠、十八号、娇容三变、邦宁紫、乌龙捧胜、茄兰丹砂、金玉其、酒醉杨妃、种生红、烟龙紫珠盘、赛珠盘、种生黑、国色无双、大魏紫、青龙卧墨池等。

　　按花的颜色分:

　　梨花雪-枝枯瘦，生长慢，矮生。

　　昆山夜光-植株高大，新枝青绿色，略带污紫色斑点。节间长，叶稀大。

　　白玉-新枝绿色或黄绿色，叶稀大，长尖，呈长卵圆形，倒卵圆形，黄绿或绿色，微向上反卷，背面绿色。

　　鹤白-枝粗壮，直生。新枝紫绿色，基部紫红。叶小，短肥，团尖，呈长卵圆形，顶端三裂掌状，基部全绿，叶面粗皱，黄绿色。