硝化和反硝化细菌对生存环境的要求不一样，污水厂的工艺管理人员的主要职责就是为水处理微生物提供的生存环境，只有明确了功能区域的划分，才能提供的生存环境。因为生物脱氮的两步反应对氧的需求是不同的，运行人员需要明确厂内生物池的每个区域是生物脱氮的那一部分，才能进行有效的工艺控制。污水厂在设计中都有很明确的硝化和反硝化功能区的划分，有些是在结构上进行了划分，比如:O工艺，:2O工艺，前置反硝化的氧化沟(卡鲁塞尔2及改良性的氧化沟)等等，是能很明确的看到的；有些工艺是时间上进行了划分，比如SBR工艺及相关的变种C:SS，CWSBR等等，在同一个池体内利用时序进行不同功能区域的划分；有些工艺在生物结构上进行的划分，比如生物膜法，利用生物膜表层，内层结构上的微生物对氧气的接触条件不同划分。而下游分水岭法则是在受污染水体下游布置一排注水井注水，在下游形成一分水岭以阻止污染羽流向下游扩散，同时在上游布置一排抽水井，抽出清洁水并送到下游注入。同样，水动力控制法一般也用作一种临时性的控制方法，在地下水污染治理的初期用于防止污染物的扩散蔓延。出处理法抽出处理法是当前应用很普遍的一种方法，可根据污染物类型和处理费用来选用，大致可分为三类:物理法。包括:吸附法、重力分离法、过滤法、反渗透法、气吹法和焚烧法等。