福州某文化发展有限公司诉称:其自2003年5月1日至2005年12月3日向福州某科技发展有限公司投入现金及货物等总价值15万元，并约定由某科技公司办理工商登记手续，以完成股份变更及工商登记工作，但某科技公司一直未办理相关的工商登记手续，也不归还投资款物。故要求某科技公司归还投资款物，并赔偿由此给文化公司造成的相关损失。  

　　某科技公司辩称:某科技公司收到了文化公司的投资款物，虽然没有进行工商登记，但与文化公司具有投资协议，某科技公司也把这些款物用于了公司的经营之中，更为重要的是文化公司作为股东，参与了经营，具有多份会议纪要可以非常明确的证明，文化公司已经行使了股东权利，享有了公司股东地位。至于没有分红，是因为公司经营不善，一直处于亏损状态，无法进行分红。因此，尽管没有进行工商登记，但双方的投资法律关系是明确的，不存在归还投资款物的问题。

　　法律分析: 我国《公司法》第74条规定:“依照本法第七十二条、第七十三条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。”由此可见，股东转让股权后须办理以下手续:

　　1、公司应当注销原股东的出资证明书并向新股东签发出资证明书。出资证明书是有限责任公司向股东签发的、依法记载该股东向公司出资有关情况的书面证明文件。我国《公司法》明确规定:有限责任公司成立后，应当向股东签发出资证明书。  

　　2、 公司应当修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。公司章程是关于公司内部的组织和行为的根本规则，对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。股东名册是设置在公司内的、反映股东及出资情况的证明文件。股权变更后，为了明确相关事项，公司应完善以上公司内登记文件，修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载，以使股权变更后的公司章程和股东名册能够反映公司股东的真实情况，使各股东的合法权益得到保障。

　　3、进行工商登记，即到工商登记机构对修改后的公司章程和股东名册进行登记。《公司登记管理条例》规定，“有限责任公司股东转让股权的，应当自转让股权之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的主体资格证明或者自然人身份证明。”显然，《公司法》第74条规定的是股东变更的内部登记，《公司登记管理条例》的规定是股东变更的工商登记，登记的目的是向社会公示股权的变更结果。

　　但是，工商登记只是“公示性”登记，而不是“生效性”登记。即股权的变更不是以是否进行了“工商登记”作为是否“生效”的条件。在实践中，许多人认为，只有进行了工商登记，股权变更才有效，这种认识是错误的。因此，只要当事人之间达成了股权转让协议，并履行了协议，新股东行使了股东权利，公司也认可了新股东的地位，股权转让是有效的，只是不能对抗善意第三人。

　　就本案来说，文化公司与某科技公司达成了投资协议，文化公司也对某科技公司进行了实际投资，在经营过程中行使了股东权利，某科技公司也认可文化公司的股东地位，尽管某科技公司没有及时进行工商登记，但也不能由此要求某科技公司归还投资款物，只能要求某科技公司进行工商登记及要求因未及时工商登记给文化公司造成的损失。

　　中小企业在日常运营过程中难免会因为股权问题发生一系列纠纷，当公司发生股权纠纷时应该如何处理？