上海市胸科医院呼吸内科是上海市医学领先学科、上海交通大学重点学科，先后承担了国家“七五”、“八五” “863” “十一五”科技攻关及多项国际合作课题研究，设有卫生部呼吸内镜培训基地，卫生部专科医生培训基地。 呼吸内科是上海交通大学医学院呼吸内科专业博士后、博士、硕士培养点。学科现有博士导师1人，硕士导师4人，主任医师、教授10余人，博士11人，在读博士4人，研究生以上学历者在医生总数中占88％。学科开放床位159张，其中包括特需病房1个，普通病房3个；年收治病患人次近1万，门诊量7万余人，在学科创始人徐昌文教授、著名呼吸病专家廖美琳教授和现任学科带头人韩宝惠教授等带领下，学科在呼吸病临床诊治、科研发展、人才培养等方面取得显著成绩，在国内外均享有较高声誉和学术地位。形成了肺部疾病鉴别诊断、呼吸病介入诊治、胸部肿瘤多学科诊治等学科诊治特色，建立了以“疾病”为中心的团队诊治模式，尤其是在胸部肿瘤的诊断、基础转化研究、诊疗技术创新和多学科综合治疗领域取得了一系列成果，达到了国际先进、国内领先水平。学科培养出一批优秀的临床及研究人才，包括国务院特殊津贴专家、上海市优秀学科带头人、上海市医学领军人才等。 该学科发展目标是以国际一流呼吸病专业为标杆，成为硬件设施、临床医疗、科研能力及学术梯队等综合实力一流服务全国面向世界的呼吸病诊治中心。 呼吸内科是以胸部疑难杂症诊断、鉴别诊断、胸部肿瘤化学治疗和多学科综合治疗为特色的临床科室，肺癌诊断及内科治疗已具国内一流水平。1975年开展纤维支气管镜检查迄今共行5万余例，纤维支气管镜检查严重并发症和死亡率为0%。B超及CT定位下经皮肺穿刺超过3000例，气管及大支气管内病变内科支架治疗600余例，均获得满意的疗效。通过痰液及胸水脱落细胞学检测、经纤维支气管镜活检、经纤维支气管镜肺针刺、活检、超声内镜、荧光支气管镜、B超或和CT引导下经皮肺穿刺活检，外周血及活检标本分子生物学和相关肿瘤标志物检测，同位素，PET等手段，初步建立了多学科综合诊断模式，肺癌出入院诊断准确率达98.6 %，肺癌细胞学及或组织学诊断符合率达96.7 %，肿瘤病理肺癌诊断正确率达98%。