有机和无机形式的硒都可以很有效率的被吸收，只是发生在不同的肠道部位。

　　十二指肠是硒主要的吸收位置;

　　空肠和回肠则有少量的吸收;

　　胃则没有吸收硒之能力。

　　经尿排出的硒占硒排出量的 50%-60%，在摄入高膳食硒时，尿硒排出量会增加，反之减少，肾脏起着调节作用。

　　甲硒胺酸的吸收效率比亚硒酸盐(selenite)来的好。含有硒的胺基酸吸收是利用胺基酸运送系统，吸收率可达到80％。甲硒胺酸的吸收率比硒胺酸好。在某些研究中亚硒酸盐的吸收率可达到85％以上。硒酸盐(selenate)的吸收又比亚硒酸盐好。

　　维生素A 、维生素C 、维生素E 都会增加硒的吸收，当在小肠腔的谷胱甘肽过氧化物酶（GPX ）浓度低时也会增加吸收。重金属(例:水银) 和植酸被认为会抑制硒的吸收。