含硒胺基酸和无机态硒都会在组织中进行代谢。从饮食而来的甲硒胺酸其利用情形和甲硫胺酸相似，可储存在胺基酸代谢池中，用于合成蛋白质，也可代谢成硒胺酸和硒胱胺酸。

　　硒胺酸可以从饮食中直接得到，或是经由甲硒胺酸代谢而来。硒胺酸经由selenocysteine β-lyase 作用之后产生游离态硒。游离态硒可以从谷胱甘肽过氧化物酶（GPX ）得到氢，然后生成硒化物(selenide)。硒化物有两个代谢途径，其一是经过甲基化作用后藉由尿液排出体外，或是形成硒代磷酸盐，这是体内重要含硒酵素的前驱物，例如甲状腺素脱碘酶 (IDI或DI) 或谷胱甘肽过氧化物酶（GPX ）。

　　从食物中得来的硒酸盐在体内可转换成亚硒酸盐，更进一步代谢成selenodiglutathione 及硒离子，后者成为硒蛋白或酵素的原料。

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