如果有大型畜牧场和家禽场，因粪便较多，可采用工厂化无害化处理。主要是先把粪便收集集中，然后进行脱水，使水分含量达到20%~30%。然后把脱过水的粪便输送到一个专门蒸汽消毒房内，蒸汽消毒房的温度不能太高，一般为80~100摄氏度。温度太高易使养分分解损失。肥料在消毒房内不断运转，经20~30分钟消毒，杀死全部的虫卵、杂草种子及有害的病菌等。消毒房内装有脱臭塔除臭，臭气通过塔内排出。然后将脱臭和消毒的粪便，配上必要的天然矿物，如磷矿粉、白云石和云母粉等，进行造粒，再烘干，即成有机肥料。其工艺流程如下:粪便集中~脱水~消毒~除臭~配方搅拌~造粒~烘干~过筛~包装~入库。总之，通过有机肥的无害化处理，可以达到降解有机污染物和生物污染的目的。

　　与精制相比:

　　精制有机肥是畜禽粪便经过烘干、粉碎后包装出售的商品有机肥。

　　1)生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗;精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。

　　2)生物有机肥经高温腐熟，杀死了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生;精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。

　　3)生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，减少病害发生;精制有机肥由于高温烘干，杀死了里面的全部微生物。

　　4)生物有机肥养分含量高;精制有机肥由于高温处理，造成了养分损失。

　　5)生物有机肥经除臭，气味轻，几乎无臭;精制有机肥未经除臭，返潮即出现恶臭。

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