可是，伴随着可喜成效，公务自行车存在的问题也同样突出。配置不合理，一些公务员想用而用不上，可一些自行车却被大量闲置；管理不科学，借车人必须在借车点用笔填写借用登记表，有的甚至还要求借车人在哪里借车就必须在哪里还车，给骑车人带来极大不便；维护不到位，武汉市虽然推出了刷卡借车的系统，但系统出现问题后常常不能及时维修，部分自行车也没有被很好地爱护……这些都直接或间接地影响到公务员的积极性，公务自行车的有效使用。

　　推行公务自行车作为公车改革过程中的重要举措，既节约了政府开支，又转变了干部作风，不仅是富有政治意义的形象工程，也是一笔现实的经济账本，还能带头贯彻低碳经济，可谓一举多得。可是，作为新生事物，公务自行车在推行过程中难免存在这样那样的问题，我们必须予以重视并统筹解决。公务自行车应该由谁来统一管理，后期维护应该由谁具体承担，能否在城市范围内实现统一调度和异地借还，非公务出行使用应该怎么规避，成本费用应该怎么结算，是否需要试行收费运营……这些都需要政府出台统一办法，以制度的形式兜底可能存在的问题。