虽然生物体的软组织的保存形成了一些有趣的和令人叹为观止的化石，但这种方式形成的化石是相对罕见的。古生物学家更经常地是研究保存在岩石中的化石。

　　脊椎动物的骨头和牙以及许多无脊椎动物的外甲含有磷酸钙，因为这种化合物抵抗风化作用的能力非常强，所以许多由磷酸盐组成的物质也能保存下来，如曾发现一枚保存极好的鱼牙。由硅质（二氧化硅）组成的骨骼也具有这种性质。微体古生物化石的硅质部分和某些海绵通过硅化而变成化石。另一些有机物具有几丁质（一种类似于指甲的物质）的外甲，节足动物和其它有机物的几丁质外甲可以成为化石，由于它的化学成分和埋葬的方式，使这种物质以碳的薄膜的形式而保存下来。碳化作用（或蒸馏作用）是生物埋葬之后在缓慢腐烂的过程中发生的，在分解过程中，有机物逐渐失去所含有的气体和液体成分，仅留下碳质薄膜。这种碳化作用和煤的形成过程相同。在许多煤层中可以看到大量的碳化植物化石。在许多地方，植物、鱼和无脊椎动物就是以这种方式保存下它们的化石。有些碳的薄膜地记录了这些生物的精细的结构。

　　清１８/１９世纪石灰石化石----价格:RMB1,350,000----日期:2017-10-12

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　　近几年乌龟化石市场成交的价格:

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　　古生物学者表示，这种巨龟体型庞大，大小如同一辆汽车一般。它的头骨就有一只足球大小，下颚骨相当有力，可能以软体动物、小型乌龟，甚至是鳄鱼为食

　　根据这份发表在英国《系统古生物学杂志》上的报告，2005年，来自北卡罗来纳大学等机构的古生物学家在哥伦比亚北部一个煤矿找到了这种龟的头部化石，长24厘米，并在附近再挖掘出一个长172厘米的龟壳化石。有鉴于发掘的地点，古生物学家将这种龟称作“煤龟”。

　　去年11月，由吉林大学、沈阳师范大学和新疆地调院组成的科考队发布了一条消息，他们在鄯善县发现了“乌龟墓地”，具体地点在一座小山丘接近顶部的长30米、宽10米的区域内，在其附近的多处地方，还发现了恐龙化石和其它化石碎片。

　　大概动物柔软部分的化石得以保存的著名的例子是在阿拉斯加和西伯利亚。在这两个地区的冻原上发现的大量的冻结的多毛的猛犸遗体种绝灭的象。这些巨兽有的已被埋藏达25000年。当冻土融解，猛犸的遗体就暴露出来。也有些保存得很不好，当它们暴露出来时，其肉被狗吃了，其长牙被商倒卖。猛犸象的毛皮在很多博物馆展览，有的把猛犸象的或肌肉放在中保存。

　　生物身体的柔软部分在东波兰的饱含油的土壤中也发现到，在这里有保存很好的一种绝灭的犀牛的鼻角、前腿和部分皮。在新墨西哥州和亚利桑那州的洞穴中和火山口里发现了地树懒的天然形成的木乃伊。这里的极端干燥的沙漠气候能够使动物的软组织在腐烂之前就全部脱水，并能保存部分的皮、毛、腱、爪等。